Il film inizia con i preparativi del "matrimonio del secolo" tra Reed Richards e Susan Storm, meglio conosciuti come "Mr. Fantastic" "la Donna Invisibile". Proprio in quei giorni, tuttavia, l'intero pianeta è scosso da inquietanti fenomeni atmosferici, blackouts di massa e dall'apparizione di giganteschi crateri. Il generale Hager, per conto dell'esercito USA, che intuisce la minaccia che si sta avvicinando chiede aiuto ai "Fantastici 4" ed in particolare alla mente del gruppo, Reed, che già stava indagando privatamente sui fenomeni. Il gruppo così si mette alla ricerca della strana entità che pare provocare i fenomeni e, prevedendo che la formazione del prossimo cratere sarà a Londra riescono a individuare lo strano essere. L'Uomo Torcia parte all'inseguimento dell'alieno e scopre che egli sembra uno strano surfer volante ricoperto d'argento, ma lo scontro dura poco e dimostra la potenza dell'essere che sembra del tutto intenzionato a distruggere la terra. Dopo lo scontro Jonnhy, l'Uomo Torcia scopre che qualcosa nelle sue capacità sovrannaturali è cambiato, infatti egli riesce a scambiare i propri poteri con quelli di un altro membro del gruppo e viceversa solamente con un contatto fisico.

Intanto a Latveria, Victor Von Doom, reso immobile dai "Fantastici Quattro" nel precedente capitolo, viene risvegliato da Silver Surfer, grazie ai fenomeni che il surfer scatena al suo passaggio. Risvegliatosi Victor comincia a cercare Silver Surfer, quando lo trova i due hanno uno scontro e Victor ha la peggio ma scopre che il contatto con l'alieno lo guarisce dalle piaghe che aveva riscontrato di avere al suo risveglio, che lo obbligavano a coprirsi il volto con cappuccio e maschera. Victor si mette così in contatto con il generale Hager, con la scusa di collaborare con loro, così da poter sfruttare il gruppo per i suoi piani.

Intanto Reed scopre che è la tavola che da il potere a Silver Surfer e insieme ai suoi compagni progetta un piano per separarla dall'alieno. Il piano viene attuato nella foresta nera in Germania, luogo previsto di apparizione di un nuovo cratere, questa volta i "Fantastici Quattro" riescono a mettere in scacco Silver Surfer che separatosi dalla tavola cade al suolo, durante lo scontro l'alieno ha un dialogo con Susan, la Donna Invisibile, dove si intuisce che Silver Surfer non è del tutto malvagio. Silver Surfer viene imprigionato in una base militare dove viene torturato dai militari per avere informazioni su chi egli sia e su cosa stia succedendo, ma i metodi brutali non hanno successo con l'essere. Sue, riferisce ai suoi del dialogo avuto con l'alieno durante lo scontro e incuriosita dalla strana entità riesce, sfruttando i suoi poteri ad avvicinarsi ancora una volta a Silver Surfer, che si scopre essere il servo di un'entità cosmica potentissima, Galactus (rappresentato come un'enorme nuvola che assorbe energia) che distrugge i pianeti per cibarsi della loro energia termica e organica. Egli rivela inoltra che la sua attività, come servo, di sondare l'universo per trovare pianeti favorevoli a Galactus ha il solo scopo di poter salvare il proprio pianeta e la donna che ama.

Nel frattempo Victor Von Doom riesce, convincendo i militari, a mettere le mani sulla tavola prendendo di poteri di Silver Surfer grazie ad un congegno (in grado di farlo fondere alla tavola così come fa l'alieno) creato da lui in segreto mentre collaborava con Richards. I quattro e l'alieno senza tavola, che si scopre chiamarsi Noris Rad si mettono quindi all'inseguimento di Doom utilizzando la "Fantasticar" e arrivati a Shangai ingaggiano uno scontro dove sembra che Victor abbia la meglio; per riuscire a fermarlo, dopo che Susan si trova in punto di morte per essere stata gravemente ferita, i quattro infondono i loro poteri nell'Uomo Torcia, che in questo modo riesce a separare la tavola da Doom, che viene lanciato via morente. Intanto Susan muore e ormai l'ombra di Galactus oscura il cielo, Silver Surfer sale sulla tavola riacquistando i suoi poteri.

Con un grande sforzo Silver Surfer riesce a riportare Susan in vita, ed infine decide di sacrificarsi, entrando all'interno di Galactus, che sta già cominciando ad assorbire l'eneriga della terra, attirando così al proprio interno la potenza distruttrice del divoratore di mondi che finisce per implodere. così i Fantastici 4 riescono a salvare di nuovo il mondo, Reed e Sue si sposano in Giappone e il gruppo continua a servire il proprio pianeta.

Subito dopo l'inizio dei titoli di coda, viene mostrata una scena a sorpresa dove troviamo Silver Surfer e la tavola in pezzi nello spazio dopo che è stato risucchiato nel vortice Galactus, nonostante i seri danni Silver Surfer è ancora vivo.